학위논문은 대개의 학교에서 1개만 인정될 겁니다. 복수학위라면 여러개이겠지요.  

연구하면서 쓴 논문은 자기소개서 등에 소개하시면 될 것 같습니다. 그리고 연구 논문은 본인의 역량을 입증할 자료이니 전부 보내셔도 괜찮습니다.